揺らぎの中の遺伝情報 ソフトマターとしてのクロマチンと生命

構成数 : 1

はしがき

第1章 物理学者からの問いかけ
1-1 遺伝情報を担う物質
1-2 残された半分の問い
1-3 情報ソフトマター

第2章 情報ソフトマターとしてのクロマチン
2-1 クロマチンの柔らかい情報処理
2-2 Hi-C 法で見るクロマチン構造
2-3 コンパートメント、ドメイン、そしてループ
2-4 ヌクレオソーム凝縮原理:顕微鏡で見るクロマチン構造
2-5 ループ押し出しか? ループ捕獲か?
2-6 染色体配置はテリトリー型か? ラブル型か?
2-7 クロマチンの階層構造

第3章 クロマチンは動いている
3-1 酵母細胞のゲノムシミュレーション
3-2 生細胞イメージング
3-3 クロマチンのアクティブな運動
3-4 ドメイン形成の理論:
コヒーシン動的二量体によるループ捕獲仮説

第4章 クロマチンの動きがつくる階層構造
4-1 これまでの理論とその限界
4-2 粗視化されたクロマチン領域間の相互作用
4-3 動きの違いがもたらすクロマチン相分離
4-4 クロマチン相分離による階層構造の形成

第5章 生命のソフトな情報処理
5-1 転写ハブ,そして転写ファクトリー
5-2 ヒストン修飾とドメイン
5-3 遺伝子ネットワークの非線形ダイナミクス

第6章 揺らぎの中に生命を見る

参考文献
索引(物理科学・統計科学)
索引(生物学・生物物理学)

【ノート】
細胞と量子力学
揺動散逸関係
細胞周期
Levinthal パラドクス
ロジスティック-LASSO 回帰
RNA ポリメラーゼ II
超解像顕微鏡
Fluorescence in Situ Hybridization(FISH)法
Asakura-Oosawa メカニズム
Auxin-inducible Degron(AID)法
Richardson-Lucy 法
最大エントロピー(Maximum Entropy)法
相分離と相転移
タンパク質フォールディングの粗視化モデル
MS2-MCP 法
断熱極限
Gillespie アルゴリズム