構造生命科学 AlphaFold時代にどう活かす?

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【目次】
序にかえて 構造を解く時代から活かす時代へ
ガイダンス 構造データの使い方

第1章 タンパク質構造を視る・知る
I.実験構造決定
1. 遺伝子発現制御におけるクロマチン構造のダイナミクス
2. RNAポリメラーゼII複合体による転写のメカニズム:高次複合体化により発揮される多彩な機能
3. クライオ電子顕微鏡による回転型ATPaseの構造機能解析
4. 感染受容体NTCPを介したB型肝炎ウイルス接着機構
5. クライオ電子線トモグラフィー解析へのAlphaFoldの応用
他

II.in silico解析
8. AlphaFoldを活用したタンパク質複合体構造予測
9. AlphaFoldを活用した構造ダイナミクス解析:マグネシウム輸送体を例に
10. AlphaFoldによる複合体同定と受精機構の解明
11. AlphaFold Multimerを用いたユビキチン様タンパク質の複合体構造予測と機能の解明
12. cDNA display proteolysis法によるタンパク質構造安定性のメガスケール解析
他

第2章 タンパク質を創る(分子エンジニアリング)
I.自然界のタンパク質改変
1. 網羅的変異体解析と構造解析を組合わせたCasタンパク質の機能改変
2. ブリッジリコンビナーゼの発見から応用まで
3. チャネルロドプシンが有するK+選択性の構造基盤
4. 構造解析と1分子観察を活用したプラスチック分解酵素PETaseの改良

II.自然界に存在しないタンパク質のデザイン
5. 物理化学と経験的ルールに基づくde novoデザイン
6. 深層学習でゼロからつくる機能性タンパク質

第3章 タンパク質に結合する分子を創る(創薬)
1. 深層学習によるCPI予測の現状と展望
2. 創薬を加速する立体構造解析:中外製薬におけるクライオ電子顕微鏡の実装とその先
3. 構造ベース農薬開発の新展開
4. AIが描く胃薬の未来図:cryo-EMとDeep Quartetが拓く新たな阻害剤のデザイン
5. 構造から読み解くグレリン受容体のリガンド応答の多様性

第4章 可能性を広げる構造解析技術
1. 超解像顕微鏡は細胞分子動画の夢を見るか
2. 高速AFMを利用したタンパク質1分子のナノ動態観察
3. X線自由電子レーザーによる分子動画解析:微生物型ロドプシンの動的構造とその知見
4. NMRを用いた動的構造解析の最先端
5. 構造精密化の基礎:クライオ電子顕微鏡による単粒子解析を中心に

索引