トランスクリプトーム解析

構成数 : 1枚

1. 分子生物学とトランスクリプトーム解析の基礎
1.1 ゲノムとは
1.1.1 デオキシリボヌクレオチド・DNA・ゲノム
1.1.2 半保存的複製
1.2 DNAシークエンサー
1.2.1 ポリメラーゼ連鎖反応
1.2.2 ジデオキシ法
1.2.3 Illumina塩基配列決定法
1.2.4 PacBio塩基配列決定法
1.2.5 ナノポア塩基配列決定法
1.3 RNA・タンパク質・遺伝子とは
1.3.1 RNAとは
1.3.2 タンパク質とは
1.3.3 遺伝子とは
1.3.4 転写
1.3.5 翻訳
1.3.6 原核生物の遺伝子構造と転写と翻訳
1.3.7 RNAの種類と機能
1.4 トランスクリプトームとは
1.5 ゲノムアノテーション
1.6 RNAシークエンシング
1.6.1 トータルRNAとポリARNAシークエンシング
1.6.2 短鎖RNAシークエンシング
1.6.3 full-lengthと3'端・5'端RNAシークエンシング
1.6.4 シングルエンドとペアエンド
1.6.5 ストランド情報の有無
1.6.6 分子バーコード
1.6.7 ロングリードシークエンシングとダイレクトRNAシークエンシング
1.7 本章のまとめ

2. トランスクリプトームアセンブリ
2.1 配列アセンブリ
2.1.1 overlap-layout-consensus
2.1.2 k-merに基づくグラフとハミルトン路
2.1.3 ド・ブラウングラフとオイラー路
2.1.4 ゲノムアセンブリとトランスクリプトームアセンブリの違い
2.2 de novoトランスクリプトームアセンブリ
2.2.1 Trinity
2.2.2 アセンブリ後の処理
2.2.3 評価指標
2.3 リファレンスベースドアセンブリ
2.4 コンティグの機能アノテーション
2.5 本章のまとめ

3. リードマッピング
3.1 力まかせな文字列探索
3.2 高速なリードマッピング
3.2.1 Burrows-Wheeler変換
3.2.2 LF mapping
3.2.3 FM-index
3.2.4 リードアライメント
3.3 スプリットリードのマッピング
3.3.1 cDNA配列へのマッピング
3.3.2 擬似的にスプライシングした合成配列へのマッピング
3.3.3 スプリットマッピング
3.3.4 融合遺伝子の検出
3.3.5 バックスプライシングの検出
3.4 本章のまとめ

4. 発現量の定量
4.1 アライメントベースな発現量定量化
4.1.1 リードカウントに基づく手法
4.1.2 リードの生成モデルに基づく手法
4.1.3 異なる定量化指標
4.2 アライメントフリーな発現量定量化
4.3 5'端・3'端RNA-seqにおける発現量定量
4.3.1 転写産物長の補正に関して
4.3.2 UMIカウント
4.4 本章のまとめ

5. 発現変動解析
5.1 アノテーションに基づく発現変動解析
5.1.1 リードカウントベースの発現変動解析
5.1.2 フラグメントの確率ベースの発現変動解析
5.2 スプライシング変動解析
5.3 ポリアデニル化サイト変動解析
5.4 新規転写単位・構造の検出
5.4.1 ヒューリスティックなアプローチ
5.4.2 flexible expressed region analysis
5.5 バイアスの補正
5.5.1 TMM正規化
5.5.2 quantile正規化
5.5.3 モデルに基づく正規化
5.6 本章のまとめ

6. 高次解析
6.1 「生物学的特徴」を表す遺伝子セット
6.2 エンリッチメント解析
6.2.1 over-representation analysis
6.2.2 gene set enrichment analysis
6.3 レギュロン解析
6.3.1 MARA
6.3.2 SCENIC
6.4 本章のまとめ

7. 次元圧縮
7.1 層別化医療と次元圧縮・クラスタリング
7.2 主成分分析
7.3 ラプラシアン行<...