■第一章「海と風と」
1999年、地球に落下した異星人の宇宙戦艦をめぐり、地球統合戦争が勃発。そして8年の月日が流れた…。
鳥人伝説が残る南海の孤島・マヤン島では異常なエネルギー反応が探知される。それは、異星人がはるか昔に残したオーバーテクノロジーの遺産であるプロトカルチャーであることが推測された。それを巡り統合軍と反統合軍が共に侵攻を開始する。そんな中、敵機に撃墜されマヤン島に一人取り残されてしまった統合軍のパイロット・工藤シンは巫女の少女・サラと出会う…。

■第二章「地上の星」
シンは、南海の孤島・マヤン島で穏やかなひと時を過ごしていた。そんなある日、シンは敵可変戦闘機と統合軍の可変戦闘機の戦闘に出くわす。サラの妹・マオを助けに向かうシン眼前に、統合軍側の可変戦闘機"VF-0"が不時着する…。

■第三章「蒼き死闘」
反統合同盟は統合軍が回収した、プロトカルチャーの遺跡を奪取すべくSV-51を繰り出してきた。一方、統合軍もリアクティブアーマードバルキリーとデストロイドを投入し、洋上で激しい攻防戦を繰り広げる。やがて、戦火はマヤン島へも伸びて行く…。

■第四章「密林」
反統合同盟のノーラ部隊によって捕らえられたシンとサラそしてアリエスは、反統合同盟の黒幕・ハスフォード博士から鳥の人の伝説を聞かされる。その頃、マヤン島上空ではVF-0Sを駈るロイ・フォッカーと反統合同盟パイロット・イワノフが再び宿命の対決を繰り広げていた。渦巻く陰謀と激戦の中、運命の鍵を握るプロトカルチャーの遺跡"鳥の人"が目覚め始める…。

■最終章「鳥の人」
反統合同盟による爆撃でマヤン島は火の海と化す。戦いによる憎しみと悲しみの連鎖によりついにサラ自身を取り込んで鳥の人が目覚め地球浄化に動く。圧倒的な破壊力を持つ"鳥の人"の前に統合軍、反統合同盟はなすすべがない。一方シンは、サラを救い出すためにブースター装備のVF-0で出撃する。壮大なスケールで繰り広げられる三つ巴の激戦。鳥の人とはいったい何か?全ての事象が交差し、交じり合い、そして…。