＜TVシリーズ＞
■「フリット編」
スペースコロニーへの移民が始まって数百年が過ぎた宇宙時代。地球圏の覇権をめぐる戦争は終わり、平和な時代が到来するかに思われた。しかし、その平和は突如出現した正体不明の敵によって、はかなくも崩れ去った――。
AG115年――。
孤独の身となったフリットはスペースコロニー『ノーラ』の連邦軍基地に引き取られていた。14歳になった彼は、連邦軍のMS技術開発者バルガスとともに一体のモビルスーツを完成させる。それはデバイスの記録を元に、自己成長を重ねるコンピュータ『AGEシステ
ム』を搭載したモビルスーツ『ガンダム』であった。
そして、運命が決まっていたかのように『ノーラ』までもがUEの襲撃を受ける。フリットが乗り込んだガンダムは果たして、UEに打ち勝つことができるのか――!?

■「アセム編」
25年という時が流れ、新たな世代へとガンダムは受け継がれていく。地球連邦軍と、かつてUEと呼ばれた『ヴェイガン』との戦争は未だ終わることなく続いていた。連邦軍司令官であるフリット・アスノは、AGEデバイスを17歳の誕生日を迎えた息子、アセムに託す。そんなときアセムたちが住んでいるコロニー・トルディアがヴェイガンの攻撃を受けてしまう。アセムはヴェイガンから、コロニーの人々を守るため、隠されたガンダムを起動する。

■「キオ編」
アセムの息子・キオは13歳になり心優しい少年に育っていた。キオが暮らすオリバーノーツに、ヴェイガンが襲い来る。敵要塞によって破壊されるビッグリング。そして、ヴェイガンの首領イゼルカントは、地球侵略の全面的な開始を宣言する。ヴェイガンの攻撃は地球全域に及び、連邦は大混乱に陥ってしまう。この危機的状況の中、キオとフリットは、新たなるガンダム、AGE‐3を動かそうとする。

■「三世代編」
地球圏に戻り、ディーヴァの仲間たちと再会したキオ。キオは、アセムとフリットに火星圏でのことを話すが、フリットのヴェイガン殲滅の考えは変わらない。アセムもまた、迷うキオに、明確な答えを出してやることは出来なかった。キオは、自分自身の考え方で戦争と向き合う決意をする。一方、連邦軍総司令アルグレアスは、ルナベースがヴェイガンの手に落ちていることを突き止め、奪還作戦を決行する。そして今、さらなる進化を遂げたガンダム、AGE-FXが月に向かって降下していく…。

＜OVA＞
■「機動戦士ガンダムAGE ～MEMORY OF EDEN～」
決して交わるはずのなかった2つの運命――。
地球連邦軍司令官フリット・アスノの息子、アセム・アスノ。ヴェイガンの民のため戦いに身を投じる戦士、ゼハート・ガレット。彼らは刹那の時間、ともに過ごし、友情を育み、時に衝突しながらも同じ宇宙を眺めた。しかしやがて皮肉な別れの時が来る。
2人の少年の出会いは、悲劇の幕開けか、あるいは希望への光か。星々の間の中で、彼らは刃を交え、互いの名を叫び、そして涙を散らす。戦争に翻弄された2人の想いが辿り着くひとつの未来――
その結末が、今ここに。