入間みちお(竹野内豊)は、東京地方裁判所第3支部第1刑事部＜通称:イチケイ＞の刑事裁判官。元弁護士という異色の経歴を持つみちおは、ヒゲを生やし、服装はカジュアル、とぼけた発言もしばしばという、お堅い裁判官のイメージとはほど遠いゆるい空気をまとった男だが、先入観に一切とらわれない自由な観察眼と、徹底的に調べ上げる探究心を持ち、弁護士団や検察官の双方から恐れられているクセ者だ。
そんなみちおを見守っているのは、イチケイの部長で、有罪率99.9%といわれる日本の刑事裁判において30件あまりの無罪判決に関わっている伝説の裁判官・駒沢義男(小日向文世)と、元傍聴マニアで、みちおのファンを公言している裁判所書記官の石倉文太(新田真剣佑)。また、お人よしの主任書記官・川添博司(中村梅雀)、3つ子の母でもある姉御肌の裁判所書記官・浜谷澪(桜井ユキ)、物おじしない新人の裁判所事務官・一ノ瀬糸子(水谷果穂)も、しばしばみちおに振り回されつつ、イチケイを支えているメンバーだ。

そのイチケイに、若くして特例判事補になったエリート・坂間千鶴(黒木華)が赴任することになった。東大法学部出身の坂間は、冗談が全く通じない堅物タイプで、裁判官が的確かつ速やかに事件を処理することで日本の治安が維持されている、と強烈に自負している。坂間がイチケイに異動してきた目的は、事件の処理件数が信じられないほど少なく、会社なら倒産レベルの"赤字"状態であるイチケイを立て直すためだった。
駒沢は、さっそく坂間にみちおと組むよう指示する。みちおを裁判長に、坂間と駒沢の3人で審議する合議制で取り組むことになった起訴案件は、大学生の長岡誠(萩原利久)が、代議士の江波和義(勝村政信)に全治1ヵ月のケガを負わせた傷害事件だった。実は誠は、江波の秘書だった洋一郎の息子。洋一郎は、2ヵ月前、不正献金疑惑で東京地検特捜部がマークし始めた矢先に、電車に飛び込んで自殺を図っていた。

検察側から、みちおのお目付け役として東京地検第3支部に異動してきた井出伊織(山崎育三郎)と、上司の主任検事・城島怜治(升毅)が出廷した第1回公判。誠は江波の方から先に殴ってきたと証言し、父は自殺ではないと主張した。するとみちおは、傷害事件のもとになった洋一郎の死の真相を確かめる必要があるとして、捜査権を発動し現場検証を行うと言い出して坂間や井出たちを驚かせる。