【DISC1】《PHASE:1 ブラックアウト=人類文明停止》世界の終わりは、突然訪れた。電力が消失する《ブラックアウト》により、全世界で通信が途絶。ロシア西部だけが、『生存サークル』として被害を免れた。特殊部隊《スペツナズ》のオレグたちは事態の調査を開始するが、孤立地区の民間人は全滅状態。そして最前線の偵察部隊は、正体不明の敵の攻撃を受け、次々と消滅してゆく。そんな中、"センサー"と呼ばれる、異変によって超能力に目覚めた人間の存在が確認されるが……。

【DISC2】《PHASE:2 パンデミック=生物兵器攻撃》生き残った人類はわずか0.5%。孤立地区では、生存者たちが何者かの操り人形と化して、兵士たちに襲いかかる。恐怖と混乱に包まれた世界で、事態は動きはじめた。出現した、"イド"と名乗る謎の男。その正体は、20万年前に地球にやって来た異星人だった。エイリアンは当時地球を支配していた先住民族を駆除するため、自らと似たDNAを持つ『人類』を生み出し、生物兵器=ウィルスとして地球に送りこんだ、というのだ……。

【DISC3】《PHASE:3 アライバル=侵略者来襲》決着の時は迫っていた。エイリアンは生物兵器として地球に送りこんだ人類を駆逐し、奴隷化した者だけを残そうとしている。イドの協力を得て、最後の抵抗を試みる生存者たち。滅亡から逃れるには、敵を操る"ラー"というエイリアンを倒すしかない。キーロフを舞台に繰り広げられる、最終血戦。ついに姿を見せたラーの超能力で、窮地に追いつめられるオレグたち。そして上空からは、《移住船》である巨大UFOが出現した……。