宿敵ともいえるハミルトンをついに逮捕したプライド。
自分が抱いてしまった負の感情に向き合いながら、再びNCISチームの指揮を執る――。
海軍犯罪捜査局(略称NCIS)ニューオーリンズ支局の主任ドウェイン・"キング"・プライドは、自らスカウトしたクリストファー・"クリス"・ラサール、元ATFエージェントのソーニャ・パーシー、コンピューターのスペシャリストであるパットン・プレイムらから成るチームを率いている。チームメンバー同士が家族のように接し、アットホームな雰囲気のNCISニューオーリンズ支局で、彼らは検視官ロレッタ・ウェイドと科学捜査分析官セバスチャン・ランドら優秀なスタッフの協力を得ながら、持ち前のチームワークで様々な難事件を解決していく。
ついに逮捕されたプライドの宿敵ダグラス・ハミルトン市長。街を救ったプライドは無事NCISチームと顔を合わせるも、上の命令を無視した行動をとったために停職になる……。プライドが停職になってから6週間。NCISにはプライドの代わりにボイドという女性捜査官が赴任していたが、書類や手続きへの細かさにチームの面々はうんざりし、プライドの復帰を待ち望んでいた。そんな時、海兵隊員の乗ったトラックが襲われ、警護していたトレーラーが奪われるという事件が起こる。奪われたトレーラーは乗り捨てられていたが、中身は空っぽだった。やがて荷台から採取された塵のようなものから中性子の成分が検出され、盗まれた物が放射性物質だったことが分かる。放射性爆弾によるテロの可能性が出てきたため、捜査はFBIとDHS(国土安全保障省)が引き継ぐことになった。DHSのラモントは犯行をISISの仕業だと考えていたが、NCISのメンバーは、犯人は土地勘のある地元の人間、かつ狙われているのはニューオーリンズだと考えていた。ラサールたちに呼び戻されたプライドは、テロを阻止するため、停職中でありながら一市民として捜査に協力することになり――。