劇場版 第1部 『亜人 -衝動-』
17年前、アフリカ。神の兵と呼ばれた不死身の兵士が、米軍によって拿捕された。世界で初めて、"亜人"の存在が実証された瞬間だった。その特徴は、不死。病死、事故死、どのような状況下で死亡しようとも即座に身体を再生し、完璧な状態で復活する。それはまさに人類の夢であり、その利用価値は無限に考えられた。その後、亜人は世界で46体、日本では2体が確認された。しかし、「死ななければ、分からない」亜人はその性質上、発見が難しく、世界にはもっと多くの亜人がいると推測された。高校生・永井圭は、下校中トラックによる追突され死亡。しかし、直後に蘇生を果たす。国内3例目の亜人であることが判明した圭は、警察及び亜人管理委員会、さらには、賞金を狙うすべての人間から追われる身となる。山奥へと逃げ込んだ圭は、幼なじみの少年・海斗の力を借り、緊急配備が敷かれた警察の包囲網を突破。さらなる逃走を図る。同刻、日本国の管理下にあった2例目の亜人・田中が、"帽子"と呼ばれる男の幇助により脱走。この者らは直ちに人類へのテロ活動を開始した。亜人管理委員会の責任者・戸崎は、永井圭の捕獲と、亜人らが起こしたテロ行為の鎮圧に奔走する。そして、手がかりとなる、圭の妹・永井慧理子に目を付ける。だが、そこにはすでに人類への復讐を誓う別の亜人とIBMと呼ばれる謎の黒い物体が侵入していた......。

劇場版 第2部 『亜人 -衝突-』
「-衝戟にそなえろ」男の声が画面を通し、不気味に響き渡る。テロリスト・佐藤がその冷酷な素顔をさらけ出した瞬間だった。数日前、佐藤は亜人研究所前で報道陣を相手に、亜人の権利について涙ながらに訴えていた。だが、その会見は人に宛てたものではなかった。日本全国に潜んでいるであろう在野の亜人たちに向けたメッセージだった。佐藤の呼びかけに応じ、集まった亜人は7人。彼らを前に佐藤は、驚くべき計画を告げる。「できる限りのことを、精一杯やるんだ。......大量虐殺だよ」集められた亜人のひとり・中野攻は、佐藤の冗談とも本気ともつかぬ話に戸惑いを隠せずにいたが......。佐藤対中野攻、戸崎対永井圭、そして、中野攻対永井圭。亜人と人間、亜人と亜人の戦いが、今、始まる――!

劇場版 最終章『亜人 -衝戟-』
「これが、カウントダウン開始の合図だ」第2ウェーブ――"浄化"が始まった。石丸、桜井、岸、甲斐、李......リストの順番通りに殺されていく要人たち。だが、日本政府は断固としてテロリストには屈しない姿勢を貫く。水面下で動く、警察、対亜特選群、自衛隊、米国国防総省、そして、亜人管理委員会役人・戸崎と高校生亜人・永井圭。「第2ウェーブの終了とともに、我々は次のウェーブへとコマを進める。第3――それが、最終ウェーブだ」圭は、亜人である佐藤を無力化するための策を練るが、彼の気付かぬところで計画は綻びを見せ始めていた......。ついに動き出した、亜人過激派集団。史上最悪最凶のテロリスト・佐藤の真の狙いとは――? 佐藤を止めるのは、誰だ。