【disk1:(97分)】
スプーン作りが大好きな大工のジェペット(ボブ・ホスキンス)は、腕はいいが商品は全く売れない。妻を亡くし孤独な生活を送っていた。ある日、寂しさを紛らわすため木の人形を作ろうと悪友のさくらんぼ親方に丸太を譲ってもらう。夜を徹して完成させた人形は本物そっくりで、ジェペットは人形に「ピノキオ」という名前をつける。翌朝、見た目が人間の子供に変わったピノキオ(ロビー・ケイ)の前に妖精(ヴィオランテ・プラシド)が姿を現す。「木の心臓が動き出せば本物の子供になれる」と言い、本物の子供を目指すピノキオの助手としてコオロギ教授(ルチャーナ・リッティツェット)を呼びつける。目を覚ましたジェペットは木の人形に命が宿ったことに驚くが、息子ができたことを喜ぶ。ピノキオは学校に行く途中、教科書を売った金であやつり人形の芝居を観に行ってしまい、そこの火喰い親方に食べられそうになる。だが親方の同情を買うために嘘をつき、金貨をもらい家に帰る。金貨を手にしたピノキオは途中で出会ったキツネと猫の兄弟に騙されて、ひとり真夜中の森へ入っていく・・・。

【disk2:(92分)】
さくらんぼ親方からピノキオはアメリカへ向かったと聞かされたジェペットは、息子を取り戻すために難破したボートを修復しアメリカへ向かうと決意する。真夜中の森でキツネと猫の兄弟に殺されかけたピノキオを妖精が救い出す。今度こそ家に帰ると決めて、ピノキオが町に帰ってくるとジェペットがピノキオを捜しに荒れた海の中に出航したあとだった。しかし、壊れた船だけが見つかり、ジェペットが死んだと思ったピノキオは不良少年ランプウィック(トーマス・サングスター)と一緒に、一生働かずに遊んで暮らせるという「オモチャの国」へ向かう。しかし、オモチャの国に来た子供たちは皆、ロバに姿を変えられて売られてしまう。ロバになったピノキオはサーカスに売られるものの、やがて海に沈められ、人間の子供に戻った。泳いでジェペットを捜しに行く途中、サメに食われてしまう。ところがサメの腹の中で、ピノキオを探して飲み込まれてしまったジェペットと再会。2人はなんとか脱出して帰路へ。心を入れ替えたピノキオは、人間の少年に変身する。