徳川綱吉が将軍職にあった日本。鎖国で海外と隔絶されていた当時、魑魅魍魎の跋扈していた諸国も、武家の支配の下、一応の安寧を保っていた。そんな諸国のひとつに、名君浅野内匠頭(田中泯)を領主とする播州赤穂がり、一方で吉良上野介(浅野忠信)は、ひそかに赤穂を併呑する野望を持ち、側室の座に納まっている謎の女、ミヅキ(菊地凜子)と共に、ゆくゆくは徳川家をも滅ぼして天下を取ろうとまで目論んでいた。
カイ(キアヌ・リーブス)は、少年の頃、どこからとも知れず赤穂に流れてきた異端児で、命さえ危ないところを、領主浅野の温情で助けられ、浅野の娘ミカ(柴崎コウ)にも愛されて、郊外の小屋でひとり暮らしを続けながら、大人に育っていた。以来、カイには、浅野父娘のためなら命に替えても、その恩と愛に報いたいという気持ちが根付いていた。
しかし、綱吉が赤穂を訪れていたある夜、城内でミヅキに妖術をかけられ我を失った浅野は、寝所の吉良に切りかかって疵を負わせるという事件を起こし、綱吉にその現場を目撃されてしまう。
これに怒った綱吉は浅野に切腹を命じ浅野家は取り潰され、一連の出来事を吉良の謀略と訝っていた家老・大石内蔵助(真田広之)始め家臣たちは禄を失い浪人へと身を落とす。赤穂は吉良の領地となり、ミカは1年の喪明けに吉良との婚儀を約束させられる。その場で復讐をと猛り立つ家臣達を、今はその時期ではないと抑えた大石は吉良によって地下牢に押し込められ、家臣たちは所払いを食らって四散、そしてカイは、出島のオランダ人に奴隷として売られてしまうのだった。
一年後、牢から出された大石は、今は百姓家に棲む妻りくや息子・主税(赤西仁)と再会、今も亡き主君を慕う家臣達と、仇討に立ち上がることを決断する。手始めに出島に乗り込んだ大石は、死闘の末にカイを救出し、婚儀の刻が迫るミカ姫を吉良の手から救うため力を貸せと説得、同志に引き入れる。圧倒的な敵の戦力と恐ろしい妖術に対し、固い決意と仲間との絆で立ち向かおうとする大石。
血判で決意を誓った四十七士は、吉良の城に潜入、壮絶な戦いが始まった・・・。