大学生の花(宮﨑あおい)は、彼(大沢たかお)と出会ってすぐに恋に落ちた。やがて彼が人間の姿で暮らす"おおかみおとこ"だと知ることになったが、花の気持ちが変わることはなかった。そして一緒に暮らし始めた2人の間に、新たな命が生まれる。雪の日に生まれた姉は≪雪≫、雨の日に生まれた弟は≪雨≫と名づけられた。雪は活発で好奇心旺盛。雨はひ弱で臆病。一見ごく普通の家族だが、生まれてきた子供たちは、「人間とおおかみ」のふたつの顔を持つ、≪おおかみこども≫だった。そのことを隠しながら、家族4人は都会の片隅でひっそりと暮らし始める。つつましくも幸せな毎日。しかし永遠に続くと思われた日々は、父である"おおかみおとこ"の死によって突然奪われてしまった―――

取り残された花は、打ちひしがれながらも「2人をちゃんと育てる」と心に誓う。そして子供たちが将来「人間か、おおかみか」どちらでも選べるように、都会の人の目を離れて、厳しくも豊かな自然に囲まれた田舎町に移り住むことを決意した。そこで花が選んだのは、山奥にある築100年のおんぼろ古民家。おてんばな雪はすぐに気に入ったが、内気な雨は馴染めない。そんな子供たちを見守りながら、花は廃屋のような家の修繕に取りかかった。その横では雪と雨が、人間とおおかみの姿を自在に変化させながら駆け回る。花の奮闘によって古民家は少しずつ輝きを取り戻し、3人の新しい生活の場となっていった。

一方で、"おおかみおとこ"が残したわずかな貯金に頼る生活には不安もあった。節約のため、花は自給自足の生活を試みる。移動図書館で自家菜園の本を借りて独学で畑を耕すが、種苗は実を結ばず枯れていくばかり。失敗を繰り返す花のもとに、里に住む韮崎(菅原文太)という老爺がやって来て、「上手くいかないなら、なぜ聞こうという気持ちがない」と言い放つ。その訪問を機に、花の家には里の人たちが折々にたずねてくるようになった。畑の野菜も、韮崎の指導のおかげで順調に育ち始める。人目を避けて引っ越してきたはずが、いつの間にか里の人たちにお世話になっている。花は人の繋がりの不思議さと感謝の気持ちを感じていた。それぞれの道を歩き出した雪と雨に、選択のときが迫っていた。 「人間として生きるのか」それとも「おおかみとして生きるのか」 そして花にも、決断のときが迫っていた。 2人の≪おおかみこども≫の選択をどのように見守るのか。