世界大戦による核戦争後の荒廃した近未来。暴力が支配する闇と混沌の世界には多くの軍閥が割拠し、人々は希望の光を見失い苦しみと悲しみにあえいでいた。そんな世でも千八百年の歴史を持つ究極の暗殺拳・北斗神拳の秘伝は、厳格な掟のもとに守り続けられていた。北斗神拳―それは、人体の経絡秘孔に衝撃を与えることにより肉体の内部から破壊することを極意とする地上最強の必殺拳であった。北斗神拳の師父リュウケンは男子に恵まれず、伝承者候補として3人の養子を鍛え育てた。長兄ラオウ、次兄トキ、末弟ケンシロウ。一子相伝の北斗神拳は掟によりこの中の一人にのみ伝承される。やがて三人が成長した時、リュウケンは正統伝承者としてケンシロウを選んだ。この決定が三人の“北斗の男”の運命を大きく翻弄することとなった。ラオウはリュウケンと決別、その凄絶なまでの剛拳で戦乱の世の覇者となる野望を抱き、自らを拳王と名乗り覇道をばく進した。ラオウは、信じた。自らの名を冠した精鋭軍団・拳王軍の圧倒的な武力と恐怖による支配こそ、この世に新たな秩序をもたらすと。一方、正統伝承者・ケンシロウは流浪の旅のなかで民衆とともに戦い続け、いつしか救世主と呼ばれる道を歩いていた。恐怖の覇者と民衆の救世主―相容れぬ道を行く二人の対決は避けることのできない宿命であった。そして、その対決を導いたのは、自らを聖帝と称する南斗聖拳最強の男・サウザーであった。サウザーは多くの民衆を奴隷とし、その苦しみと血によって壮大な聖帝十字陵の建立を企て己の力を誇示しようとしていた。また、それは覇者を目指すラオウへの宣戦布告でもあった。絶望にくれる人々は、南斗白鷺拳の達人・シュウに救いを求めた。しかし、シュウもサウザーも非情なる策略によって命を落とす。そして、そのシュウの絶望の叫びがついにケンシロウを立ち上がらせ、ケンシロウとサウザーは凄絶な死闘を展開する。だが、その死闘すらも影で操るのは恐怖の覇王・ラオウであった。ラオウの覇道に隠された真実とは？その真実を知る者は、女でありながらラオウ親衛隊を率いる猛将レイナ。レイナのラオウへの純真な愛が奇跡を呼び起こし、ラオウの胸に秘められた「北斗の拳」最大の真実が今こそ解き明かされる。