25歳のバリー・アレン(ガスティン)は、セントラル・シティの警察署で科学捜査官として働く、平凡な人生を歩んでいた。そして、自分の育ての親ジョー・ウェスト刑事(マーティン)の娘であり、親友のアイリス・ウェスト(パットン)に密かな恋心を抱いていた。実は14年前、バリーの母が殺され、バリーの父ヘンリー・アレン(ジョン・ウェズリー・シップ)がその容疑者として終身刑を言い渡されたとき、バリーはウェストに引き取られたのだった。だがバリーは、真犯人が自分の父ではなく、謎の"黄色いスーツの男"だとずっと言い続けてきた。そんなある日、STAR(スター)ラボの粒子加速器が大爆発してしまい、雷に打たれたバリーはダークマターの影響を受け、超スピードで動く能力を得て、世界一速い男になる。だがその夜、特殊な能力を得たのはバリーだけではなかった。ダークマターはメタヒューマンをも生みだし、メタヒューマンたちは、自らの特殊能力でセントラル・シティを破壊しようとするのだった。バリーは、強力な脅威からセントラル・シティの住民たちを守るため、ケイトリン・スノー(パナベイカー)やシスコ・ラモン(バルデス)、ハリソン・ウェルズ博士(キャバナー)など、新たに友人となったSTAR(スター)ラボの研究員たちから援助を受けながら、フラッシュとしての道を歩み出す。だがその道のりは孤独なものだった。アイリスを危険から守るために自分の能力について秘密にしているバリーは、彼女がウェストのパートナーであるエディ・ソーン刑事(コスネット)と親密になっていくのを側で見ていることしかできなかった。フラッシュとしてセントラル・シティを守っていたバリーは、ある日黄色いスーツの男に出くわすが、バリーのスピードでは彼を捕まえられない。だが、STAR(スター)ラボチームによって、驚愕の事実が明らかになる。バリーの母を殺した黄色いスーツの男は、彼らが信頼するハリソン・ウェルズだった。実は、ウェルズ博士は未来からやって来たイオバード・ソーンという人物だが、偶然にもエディ・ソーンの子孫で、自分が過去にやって来たのはバリーを殺すためなのだと言う。フラッシュは、イオバードと戦い、負けそうになる。その時、自らの命を犠牲にしてセントラル・シティを救い、未来を変えたのは、エディ・ソーンだった。だが時空にひずみが生じ、人類は最大の危機に瀕してしまう。セカンド・シーズンで、エディ・ソーンが自らの命を犠牲にし、バリーは、無事、イオバード・ソーンを倒すことができた。だが、イオバードが母を殺したということは証明できず、父ヘンリーは冤罪で刑務所に入ったままだ。そして、新たな味方、ジェイ・ギャリック(テディ・シアーズ)が登場する。彼は、特異点によってパラレルワールドの地球への入り口が開き、ズームという恐ろしい敵がやって来ることをバリーたちに伝えるのだった。