日本発の無差別銃乱射事件が東京で起こり、そのニュースは日本中を震撼させた!警視庁は、この事件の捜査にSTの出動を要請する。STとは・・・多様化する現代犯罪に対応するため、警視庁が科捜研の優秀な研究員5名を集め、特別操作権を与えた。その名もScientific Taskforce(サイエンティフィック・タスクフォース)通称ST(警視庁科学特捜班)である。そのSTの指揮官に任命されたばかりのキャリア警部・百合根友久(岡田将生)は、捜査一課の刑事・菊川吾郎(田中哲司)と共に事件現場へと急ぐ。まだ見ぬSTメンバーとの対面にいささか緊張しつつ事件現場に到着した百合根。そこに、およそ刑事に見えない面々が次々と現れる!中性的な雰囲気だがノリが軽く空気の読めない 青山翔(志田未来)。警察犬ばりに血痕の臭いを嗅ぐ 黒崎勇治(窪田正孝)。僧侶の格好で遺体に向かい読経を始める 山吹才蔵(三宅弘城)。露出度の高い服で悩殺ポーズを決める 結城翠(芦名星)。彼らの情報を事前に集めていた百合根はともかく、現場叩き上げのベテラン刑事・菊川は変人と評判のSTメンバーを目の当たりにして閉口するばかり。しかしまだそこには、1番の変人、STのリーダー・赤城 左門(藤原竜也)の姿がなかった!百合根が赤城の自宅を訪れても、ろくに口もきかずドアを閉められてしまう始末。STのメンバー曰く、赤城は対人恐怖症で引きこもり!?
自宅に情報を集め自宅で分析をする、そういうやり方が現場の刑事たちを苛立たせ、衝突を生んでいた。STメンバーと捜査本部の刑事たちの間に入ってなんとか協力体制を作ろうと奮闘する百合根だったが、捜査方針の見解の違いからお互い全く相入れない。STを創設した警視庁刑事部の三枝俊郎(渡部篤郎)は、STをまとめる自信がないとぼやく百合根に、君にしかできないと励ます。そうこうしている内に、今度は皮膚が剥がされた絞殺死体が発見される。一見銃乱射事件とは関わりのない猟奇殺人事件に思われたが、STはこれらのプロの同一犯による計画犯罪と断定する。そんなSTの分析を嘲笑する刑事たち。捜査本部の主任・池田管理官(林遣都)は、秩序を無視するSTにわざと情報を渡さないようにしていた。必要な情報が降りてこないSTは、細かい分析が出来捜査が行き詰る。そんな時、第三の殺人事件が起こる。果たしてSTは次々に起こる殺人事件を解決へと導くことが出来るのか!?