南北戦争末期の1864年。アメリカ先住民アパッチ族を率いるチャリバ(マイケル・ピート)によって牧場が襲撃され、救援に向かった騎兵隊も皆殺しにされる。メキシコ領に逃げたチャリバを追うため北軍のエイモス・チャールズ・ダンディ少佐(チャールトン・ヘストン)はすぐに追跡隊を編成するが、軍部の協力は得られず、南軍捕虜や民間人、犯罪者などから兵を引き抜くことにする。しかし、ダンディ少佐の旧友で今は敵の南軍捕虜のベンジャミン・タイリーン大尉(リチャード・ハリス)の協力は得られない。かつて同じ軍隊の仕官だった二人だが、タイリーンの決闘騒ぎによりダンディ少佐が彼を追放。その後タイリーンは南軍に加わり捕虜となったのだった。なんとかタイリーン大尉の協力を得て南軍兵士20名を指揮下に入れたダンディ少佐は、道案内のポッツ(ジェームス・コバーン)、生真面目なグレアム中尉(ジム・ハットン)、若き兵士ライアン(マイケル・アンダーソンJr)、南軍捕虜ハドリー(ウォーレン・オーツ)、チラム(ベン・ジョンソン)など総勢40名を引き連れ、メキシコ国境を目指す。復讐に燃える牧師、黒人兵士、馬泥棒、南軍捕虜など、まさに寄せ集めの部隊は国境を越え、メキシコ領内を捜索する。その後数週間にわたり捜索を続けるがチャリバは見つからない。その年のクリスマスの夜、チャリバの待ち伏せにあったダンディ少佐たちは、半数が死傷し、チャリバにも逃げられてしまう。食料確保と負傷者の手当を目的にある村に向かうが、そこはメキシコ内乱に介入するフランス軍によって占拠されている。ダンディ少佐はフランス軍兵を捕らえ、村を開放し、貧しい村人に逆に食料を分け与える。村人の歓迎を受ける部隊だったが、休息の間に捕虜のフランス軍兵士が逃亡し、大部隊でダンディ少佐たちを待ち構える。少佐は逆にフランス軍部隊を夜襲し馬や装備を奪う。今やアパッチを追うダンディ少佐は逆にフランス軍に追われる身となる。ある日、南軍捕虜のハドリーが脱走し、タイリーン大尉の手によって銃殺され、南北の兵士間に亀裂がはいる。ほとんど指揮不能状態となる部隊。ダンディ少佐は村の女性テレサ(センタ・バーガー)になぐさめられ、一時の安らぎを獲たのもつかの間、突然放たれたアパッチの矢を足に受け負傷する。少佐はフランス軍に占拠された町に密かに侵入し、手当てを受ける。しばらく町で暮らす少佐は、自身のふがいなさに毎日酔いつぶれている。少佐を助けに現れたタイリーン大尉たちは、フランス軍と交戦。なんとか部隊に合流したダンディ少佐は、再びチャリバを追う決心をするのだが・・・。