「友達かもしれないから、僕たちは攻撃しなかった。でも違った」幼い子供たちが悲しそうに語る。突然、UFOで飛来したエイリアンは街を破壊し、大人たちを殺し、子供たちを拉致し、あっという間に地球を壊滅に追いやった。それから6カ月、僅かに生き残った人類は、廃墟となった都市や郊外に仲間を求めて集まった。マサチューセッツの人々は市民軍を結成し、エイリアンへの決死の反撃を狙っていた。歴史学の教授だったトム・メイソン(ノア・ワイリー)は、豊富な軍事の知識を生かして戦ったが、誰も予知できないエイリアンの恐るべき攻撃力の前では、食糧を確保することも難しかった。第2連隊の司令官が殺され、新司令官に軍隊の経験を持つウィーバー(ウィル・パットン)、副司令官にはトムが任命される。エイリアンとの徹底抗戦を望むウィーバーと、市民の命を守ることを優先するトム。二人は何かと対立していたが、総司令官のポーター(デイル・ダイ)には両者が必要だった。トムの妻は最初の襲撃で命を落とし、二男のベン(コナー・ジェサップ)は拉致された。長男のハル(ドリュー・ロイ)は兵士として戦い、まだ幼い三男のマット(マキシム・ナイト)は心に傷を抱えながらも、小児科医のアン・グラス(ムーン・ブラッドグッド)に見守られ、その愛らしい笑顔で人々を和ませていた。ある日、偵察に出かけたハルが、捕虜となった子供たちに出くわし、ベンを見つける。子供たちは背中に装着されたハーネスと呼ばれる装置によって、エイリアンの意のままに操られていた。しかもハーネスを外すと、彼らは死んでしまうのだ。エイリアンの影に怯えながらも、人類は少しずつ前に進む。ハーネスの安全な取り外し方が解明され、トムが生け捕りにしたエイリアンの生態研究が進められた。しかし──ついに第2連隊の基地がエイリアンに見つかってしまう。人々を安全な場所に移動させていたトムは、あるエイリアンと遭遇し、彼らの真の目的を知る。だがそれは、次の謎の入口にすぎなかった──。