世界へ散らばった9人の''選ばれしものたち''。運命を切り拓くことはできるのか?
潜在的な能力を持ちながら、その能力にも自らの使命にも気づかぬまま、何者かに命を狙われ続ける人生を送ってきた9人の若者たち。世界中に散らばり、幼い時からそれぞれの守護者とともに町を転々として暮らし成長していた。ある日、9人のうち、ナンバー1から3までが何者かに殺された。海辺の町にいたナンバー4は、その死を、自らの足に痛みとともに現れた焼印で感知する。見えざる敵の次のターゲットは、ナンバー4、自分だ。ナンバー4は、暗殺者たちが察知する前に、今いる町にある彼が存在したという痕跡を全て消し、すぐに次の土地へと守護者とともに逃亡を開始した。そして、オハイオの片田舎にナンバー4はジョン・スミスとして落ち着き新たな生活を始めるが、自分自身の中にある不思議な特殊能力が開花してきていることを自覚し始めていた。不思議な能力に戸惑いながらも、自らの使命を悟ったナンバー4は世界に散った残りの仲間を探すことを決意する。しかし、見えざる敵はすでにジョンの背後まで迫っていた。ちょうどその頃、仲間を求め続け、ついにジョンの足跡を探しだした者がいた。それは、幼い時に守護者を殺されてから、ずっとひとりで生き延びてきた美しい戦士、ナンバー6だった。
今、謎の敵との壮絶な戦いの火蓋が切って落とされようとしていた。強大な敵に立ち向かうには、覚醒したパワーと仲間の力を結合させなければならない。
ナンバー4は果たして仲間と出会い、運命を切り拓くことができるのか?