第1話：新しい日
ニューヨークのマンハッタンで車の事故が起こり、オリビアは“もう1つの世界”から衝撃的な帰還を果たす。 ビショップ博士はラボで検視を行いながら、息子ピーターのために、ある誕生日プレゼントを用意していた。 一方、オリビアが訪れた“もう1つの世界”について手がかりを得ようと奔走するピーター。 だが、フリンジ・チームには解散の危機が訪れようとしていた。

第2話：地下生物
ペンシルベニアの田舎でハイウエーの建設作業員が、何者かによって地下に引きずり込まれ、こつ然と姿を消した。 フリンジ・チームは、同様の失踪が相次いで起こっていることを受け、真相に迫るべく現場へ向かう。 やがて、事件と遺伝子変異とのつながりが明らかになり…。 一方、ビショップ博士は、霧を使って、2つの世界を行き来するシミュレーションを試みていた。

第3話：結晶化
フィラデルフィアの駅の構内で爆発事件が起こった。 だが、起爆装置の痕跡は何も残っていない。 オリビアたちは、この奇妙な事件を捜査すべく現場へ向かう。 ラボへ戻り、検視を行ったビショップ博士は、思いもよらないような爆発の原因を突き止める。 さらなる爆発の脅威と、軍の機密プロジェクトとのつながりが明らかになるなか、オリビアとピーターはイラクへ向かう。

第4話：銀色の血
オリビアはウィリアム・ベルとの衝撃的な出会いから自分を取り戻しつつあった。 ビショップ博士はオリビアの記憶を呼び起こすため、ある強力な飲み薬を調合する。 一方、フリンジ・チームは“姿を変える装置”、いわゆるシェイプシフターが関与する連続盗難事件を捜査していた。 やがて、オリビアの記憶がよみがえるにつれ“もう1つの世界”のことが明らかになっていく。

第5話：夢遊病
ある男が自分の上司がモンスターに見え、殴り殺すという不可解な事件が起こり、フリンジ・チームはシアトルの現場へ向かう。 謎の現象が次々と起こるなか、休む間もなく事件と“夢”との関係を調査するオリビアたち。 ブロイルズは、さらなる手がかりを求め、マッシブ・ダイナミック社の重役ニーナ・シャープに面会する。 そして、事件は思わぬ展開を見せるのだった。

第6話：灰化
ボストンで人が灰のかたまりになるという奇妙な事件が起こり、フリンジ・チームは困惑しながらも捜査を進める。 ブロイルズによると同じ現象は4年前からワシントンで起きていた。 ウォルター博士は、ある仮説を立てて調べるが、立証はできなかった。 この謎めいた事件によって、明らかになっていくブロイルズの過去。 そして、事件にはある外国の政府が関与する疑惑が浮上する。